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Thèse UMR8226
24/09/2020
Sébastien Chamois - Elimination des ARN messagers aberrants chez la levure Saccharomyces cerevisiae faisant intervenir la voie de surveillance du No-Go Decay
Soutenance de thèse
Jeudi 24 septembre 2020 à 14h à la Bilbiothèque
Un lien de visioconférence est disponible sur demande
Sébastien Chamois
Elimination des ARN messagers aberrants chez la levure Saccharomyces cerevisiae faisant intervenir la voie de surveillance du No-Go Decay
dirigée par Lionel BENARD et Claire TORCHET
Les membres du jury qui s'associeront à cet événement sont les suivants :
Martine Collart de l’Université de Genève (Department of Microbiology and Molecular Medicine)
Olivier Namy de l’Institut de Biologie Integrative de la Cellule (I2BC – Equipe Génomique, Structure et Traduction)
Benoit Palancade de l’Institut Jacques Monod (équipe Biogenèse des ARNs et homéostasie du génome)
Emmanuèle Mouchel-Vielh de Sorbonne Université (IBPS – équipe Contrôle Epigénétique de l'Homéostasie et de la Plasticité du Développement)
L’expression des gènes est un mécanisme complexe qui peut conduire à la synthèse d’ARN
messagers aberrants, susceptibles de perturber l’homéostasie cellulaire. Il existe ainsi chez les eucaryotes des voies de surveillance chargées d’éliminer de tels ARN, en particulier dans le cytoplasme. Le No-?Go Decay (NGD) est l’une d’entre-?elles et assure l’élimination des messagers responsables de blocages des ribosomes au cours de l’élongation de la traduction. Ce mécanisme met en jeu des clivages endoribonucléolytiques qui se produisent aux abords des ribosomes bloqués sur l’ARN. La localisation précise de ces clivages est un élément essentiel à la compréhension du rôle joué par le NGD dans le cytoplasme. J’ai ainsi étudié cette voie de surveillance à l’aide d’un plasmide capable d’exprimer un ARN tronqué ciblé par le NGD. Nous avons montré qu’une attaque endoribonucléolytique unique dépendante de Hel2 et Cue2 était responsable d’un clivage de l’ARN au niveau du troisième ribosome bloqué durant l’élongation de la traduction. Cet événement, qui intervient à 8 nucléotides en amont du site P du ribosome, produit un fragment 3’-?NGD avec une extrémité 5’-?hydroxylée. Cette extrémité est par la suite phosphorylée par la kinase Trl1. Nous proposons enfin que l’élimination de cet ARN est assurée par la voie 5’-?3’ de dégradation avec l’action de Xrn1 et alternativement de Dxo1.
Séminaires UMR8226 (2012-2017)
2017
29 mai
Projection de “Pourquoi cherchez-vous ? “
Geneviève Anhoury
27 février
Stark effect: a spectroscopic tool to study photosynthesis, respiration, phytoplankton competition in the Ocean... and the fate of Universe?
Benjamin Bailleul – IBPC
20 février
Role of the heptad repeat domains of Mitofusin in mitochondrial fusion
David TARESTE -Institut Jacques Monod
23 janvier
The bacterial Hsp90 chaperone: mechanism, partners, and function
Olivier Genest - Laboratoire de Bioénergétique et Ingénierie des Protéines (BIP) - UMR 7281, CNRS Aix Marseille Université
10 janvier
Protein in cell. Toward microscopic simulations of cell-like environments
Fabio Sterpone, PhD - LBT/IBPC
2016
12 décembre
mRNA biogenesis and its impact on genetic stability: from SUMO to introns
Benoit Palancade - Institut Jacques Monod
28 novembre
Role of YacP, founder member of the NYN family of ribonucleases, in translation-dependent mRNA turnover in B. subtilis
Ciarán Condon - CNRS UMR8261
18 novembre
The morphogenesis of chromosomes during mitosis – One ring to rule them all?
Damien D'Amours - Institute for Research in Immunology and Cancer, Département de Pathologie et Biologie Cellulaire, Université de Montréal, Canada
15 novembre
Centromeres impersonating telomeres, and other forms of deception at the chromosome end
Julia Promisel Cooper, PhD - National Institutes of Health, USA
24 octobre
New Concepts in Telomere Biology – or – All is Well that Ends Well
Raymund Wellinger - Université de Sherbrook, Canada
17 octobre
The lipid transfer proteins ORP5/ORP8 are novel components of ER-mitochondria contact sites and regulate mitochondrial morphology and function
Francesca Giordano - Institut Jacques Monod
11 octobre
Functional characterization of the DNA Polymerase epsilon and its involvement in the maintenance of genome integrity in Arabidopsis
Jose Antonio Pedroza-Garcia - Institute of Plant Sciences Paris-Saclay
21 juin
Replication timing control and end-protection: two faces of the telomere-binding protein ScRif1
Stefano Mattarocci - Université de Genève
30 mai
Facteurs nucléaires qui controlent l'expression des genes chloroplastiques chez Chlamydomonas reinhardtii
Yves Choquet – UMR7141
2 mai
Discoveries or Fantasies? Chasing Telomeres, Replication & Silencing Entwined Unstably in Yeast Chromosomes
Ted Weinert - University of Arizona
11 avril
Ubiquitination at the Endoplasmic Reticulum: Insights into Metastasis and Ubiquitin Ligase Function
Allan M. Weissman - National Cancer Institute, Frederick, USA
30 mars
Regulation of the TORC1 pathway
Svetlana Dokudovskaya - UMR8126 - Signalisation, noyaux et innovations en oncologie, IGR – Villejuif
21 mars
Initiation of bacterial mRNA decay: different enzymes – similar strategies
Harald Putzer - UMR8261 - Expression Génétique Microbienne, IBPC – Paris
15 février
Crosstalk between RNA processing and chromatin remodeling as a modulator of genome integrity
Andrés Aguilera - Andalusian Center for Molecular Biology and Regenerative Medicine, Seville
11 janvier
Relating biological function and molecular dynamics through high performance computer simulations
Marc Baaden - UPR9080 -Institut de Biologie Physico-Chimique, Paris
2015
14 décembre
The many surprising roles of gene transfer in bacterial evolution and functional innovation
Eduardo Rocha - Institut Pasteur, Paris
30 novembre
Synthetic biosensors for quantitative analysis of signaling cascades in single cells
Serge Pelet - Université de Lausanne, Suisse
9 novembre
Cellular aging – a side-product of life?
Anita Krisko - Mediterranean Institute for Life Sciences, Split, Croatia
7 octobre
Forward genetics: a powerful tool to decipher starch catabolism in Chlamydomonas reinhardtii
Justin Findinier - Team of Plant Glycobiology, USTL/UMR 8576 CNRS, Villeneuve d'Ascq, France
28 septembre
Post-translational regulations of the central energy sensor SnRK1
Pierre Crozet - Instituto Gulbenkian de Ciência (IGC), Plant Stress Signaling Group, Lisbon, Portugal
8 juin
Rubisco Rescue: Biophysical Studies of Higher Plant Activase
Rebekka Wachter - Department of Chemistry and Biochemistry - Arizona State University
8 juin
A single cell view of telomere maintenance by telomerase
Pascal Chartrand - Département de Biochimie et Médecine Moléculaire - Université de Montréal
13 avril
Diversité des ADN topoisomérases cellulaires et virales : quelques spéculations sur les rôle majeurs que ces enzymes ont pu jouer à différentes étapes de l'histoire de la vie
Patrick Forterre - Unité de Biologie Moléculaire du Gène chez les Extrêmophiles, Institut Pasteur - Institut de Génétique et Microbiologie Université Paris-Sud
9 mars
Mechanistic and Protein/Protein Interaction Studies of Two Ferredoxin-Dependent Enzymes
Pr. David B. Knaff - Paul W. Horn Professor of Chemistry and Biochemistry - Director, Center for Biotechnology and Genomics - Editor-in Chief, Photosynthesis Research - Texas Tech University -Lubbock, Texas, USA
2 février
On the origins of evolutionary innovations
Andreas Wagner Institute of Evolutionary Biology and Environmental Studies - University of Zurich – Switzerland
19 janvier
Studying and fighting bacteria with the help of CRISPR
David Bikard - Synthetic Biology Group -Institut Pasteur – Paris
2014
18 décembre
Roles of the chaperones Hsp70 and GroEL/GroES in protein folding
Florian Georgescauld - Department of Cellular Biochemistry, Max Planck Institute of Biochemistry - Martinsried, Germany
15 décembre
Lost in transcription? be pervasive
Antonin Morillon - Institut Curie, CNRS UMR3244, UPMC – Paris
17 novembre
Strategies in quality control: selective autophagy and DNA-protein crosslink repair
Stefan Jentsch - Max Planck Institute of Biochemistry - Munich/Germany
20 novembre
The multifaceted roles of TERRA in telomere length regulation
Claus Azzalin - Institute of Biochemistry - ETH Zürich/Switzerland
18 septembre
Genomic maintenance network for hyperthermophilic Archaea
Pierre-François Pluchon
8 septembre
Colorectal and Endometrial Cancer Mutations in DNA Polymerase Epsilon Supress Its 3'-5' Exonuclease Activity and Reduce Replication Fidelity
Erin Henninger
7 mai
Telomere length instructs for meristem potential and stem cell development in arabidopsis
Mary Paz González García - Centre de Recherche en Agronomie - Barcelona, Spain
31 mars
Specific translation controls: TMA108 a new protein implicated in ribosome specialization
Mathilde Garcia - UMR7238 Biologie Computationnelle et Quantitative - Campus des Cordeliers – Paris
17 mars
Mitochondrial outer membrane fusion analysed by electron cryo-tomography
Dr. Tobias Brandt - Max-Planck-Institute of Biophysics - Department of Structural Biology (Kühlbrandt lab) – Frankfurt
2013
16 décembre
Autophagy as an adaptive response to stress in Chlamydomonas
José Luis Crespo - Université de Séville - Espagne
9 décembre
The role of telomerase in ageing and cancer in zebrafish
Miguel Godinho Ferreira - Instituto Gulbenkian de Ciência - Oeiras, Portugal
25 novembre
Some unexpected effects of perturbing telomerase in budding yeast
Elizabeth Blackburn - prix Nobel de Médecine 2009 - University of California, San Francisco, CA, USA
3 juin
The apoptotic ring
Stéphanie Solier - Inserm U1009 - Institut Gustave Roussy – Villejuif
22 mars
Fundamental cell biological processes explored in the chloroplast of Chlamydomonas
William Zerges - Concordia University - Montréal, Canada
13 mars
Hug1, an intrinsically disordered protein involved in nucleotide metabolism: functional and biophysical insights
Julie Meurisse
20 février
"Particle Genetics": treating every cell as unique
Gael Yvert - CNRS / Ecole Normale Supérieure de Lyon - Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule
12 février
How organelles control the cell: metabolic pathways and organelles dynamic
Sophie Lefevre
6 février
The role of LTR binding proteins as potential expression regulators of closely located genes
Dmitrii Trubetskoy
23 janvier
Studying mitochondrial morphogenesis in Drosophila
Marc Macchi
2012
17 décembre
The critical regulation of three L's at telomeres: Length, Loops and Long non-coding RNA
Brian Luke - Université de Heidelberg, Allemagne
26 novembre
Yeast arrestin-like proteins relay signaling pathways to transporter endocytosis
Sébastien Léon - Institut Jacques Monod – Paris
19 novembre
Road-block termination defines a new class of cryptic transcripts
Jessie Colin - Centre de Génétique Moléculaire (CGM) UPR3404 - CNRS Gif s/ Yvette
12 novembre
The Wonders and Evils of iTRAQ
Josselin Noirel - Chemical and Process Engineering - University of Sheffield, UK
25 mai
Two telomere tales: survivors without telomerase and telomere position effect at native ends
Ed Louis - Centre for Genetics and Genomics -Queens Medical Centre - University of Nottingham -Nottingham NG7 2UH
14 mai
Glutathione in plant responses to increased H2O2 : not just an antioxidant
Pr. Graham Noctor - Institut de Biologie des Plantes - Université Paris-Sud, Orsay
5 mars
Évolution naturelle et expérimentale des génomes de levures
Bernard Dujon - Université Pierre et Marie Curie et Institut Pasteur
6 février
Mitochondria, Oxidative Stress and Fragile Proteasome Syndrome
Prof Michael H. Glickman - Department of Biology, Technion - Haifa Israel
23 janvier
Shq1 chaperones H/ACA RNP assembly by RNA mimicry
Nicolas Leulliot - Professeur Université Paris Descartes - Laboratoire de Cristallographie et RMN Biologiques - Faculté de Pharmacie, Université Paris Descartes, Paris
